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共线性和同线性 https://www.jianshu.com/p/509103f95d53
Synteny(同线性)是指一组基因在不同物种的同一染色体上的物理共定位。这些基因在单个染色体上的位置非常接近,但在不用物种中的排列顺序可能不相同。同线性主要描述基因在染色体上的分布模式,这些基因的共定位模式表明不同物种间的关系及其进化。
Collinearity(共线性)是同线性的一种形式,是指一组基因在不同物种之间以相同的顺序共定位。共线性主要是用来描述同一染色体上基因的位置关系,也就是指由同一祖先型分化而来的不同物种间基因的类型以及相对顺序的保守性(即基因的同源性+基因的排列顺序)。共线性片段的大小与物种之间的分化时间有很大关系:分化时间较短的物种间,积累的变异较少,会保留更多从祖先遗传下来的特征;相反的,分化时间较长的物种间由于变异积累而导致共有的特征变少,反而获得较短的共线性片段。
不同水平的共线性
全基因组水平的共线性:基于基因组的全部DNA序列,常用软件Mummer 关注整个基因组或大型基因组区域的结构保守性,适用于大尺度的进化分析和物种比较
基因水平的共线性: ...
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